I momssammanhang räknas inte statliga affärsverk eller statliga bolag som statliga myndigheter.
En statlig myndighet ska ta ut moms vid momspliktig omsättning av varor och tjänster och redovisa utgående moms i en momsdeklaration. Dessutom ska myndigheten i många fall deklarera utgående moms (omvänd skattskyldighet) när den köper varor och tjänster från andra länder. Vid myndighetsutövning eller när en försäljning är ett led i myndighetsutövning anses avgifter och annan ersättning som betalas till staten inte som momspliktig omsättning. En myndighet ska därför inte ta ut moms vid myndighetsutövning. Det är inte heller momspliktigt med försäljning av andra tillgångar än omsättningstillgångar eller med försäljning till andra statliga myndigheter.
Staten har ingen avdragsrätt för, eller rätt till återbetalning av, ingående moms. I deklarationen är ingående moms för en statlig myndighet alltid 0 kronor.
Statliga myndigheter kompenseras för den uteblivna avdragsrätten (förordning 2002:831). Myndigheten kompenseras även för ingående moms i momsfri verksamhet. Tanken är att myndigheten ska vara neutral när den väljer mellan att utföra tjänster med egen personal eller med en utomstående entreprenör. En statlig myndighet får rekvirera ett belopp från Skatteverket som motsvarar den ingående momsen i såväl momspliktig som momsfri verksamhet. Den statliga myndigheten får dock inte kompensation för all moms, t.ex. inte för moms på
Myndigheten ska göra rekvisitionen på blanketten "Rekvisition - Kompensation för ingående mervärdesskatt" (SKV 5805).
Om myndigheten ska återbetala ett rekvirerat belopp görs det till Skatteverkets bankgiro 751-9309.
Skattekontoret i Jönköping handlägger momsärenden för statliga myndigheter. Adressen är Skatteverket, 551 95 Jönköping.
Det är Ekonomistyrningsverket (ESV) som bestämmer vilka myndigheter som har rätt till kompensation. ESV utfärdar också de föreskrifter som reglerar kompensationen.